人们根据在奥杜威峡谷(Olduvai Gorge)地区发现的化石可以推测,原始人类生活在
恩戈罗恩戈罗自然保护区(the Ngorongoro Conservation Area)内的历史可以追溯到300万年前。
大约在几千年前,游牧民族代替了原本在这里的狩猎民族;2000年前,Mbulu人来到这里。之后,大约在公元1700年,Datoga人也成为了这里的一员。但在19世纪初,这两个部落都被马赛人(the Maasai)驱逐出去。从此,这里就成了马赛人的天下。
塞伦盖蒂国家公园(Serengeti National Park)是根据《1948年国家公园条例(The National Park Ordinance of 1948)》而建立的。然而这却引起了马赛人和其他部落的不满,使得之后又出台了《1959年国家公园条例(NCA Ordinance (1959) )》,将恩戈罗恩戈罗保护区从塞伦盖蒂国家公园分离出来。
1976年,恩戈罗恩戈罗自然保护区管理局(The Ngorongoro Conservation Area Authority)成立,以管理包括恩戈罗恩戈罗火山口在内的自然保护区。
1979年,恩戈罗恩戈罗自然保护区被联合国教科文组织列入世界遗产名录。